Bioinformatik 2011

Im Rahmen des Modul 4B Methodenpraktikums
27.06.2011-08.07.2011, Umfang 3 SWS

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weitere Details Modul 4B

In diesem Kurs lernen Sie Bioinformatik Programme kennen, die als tägliche Hilfsmittel in der molekularbiologischen Forschung angewandt werden. In einer 4 x 2-stündigen Vorlesung werden die Grundlagen erkläutert. Übungen von 3-4 Stunden Umfang pro Tag werden im Rechenzentrum bearbeitet. Neu: Alle Aufgaben müssen bearbeitet und auf der eigenen Internet Seite abgelegt werden. Richtig müssen 75% sein. Es gibt für die Aufgaben selbst keine Punkte mehr (im Unterschied zum letzten Jahr), aber es gibt nach wie vor Bonuspunkte. In der gemeinsamen Abschluss-Klausur werden Fragen zur Bioinformatik gestellt.

Wie bei Praktika ist die Anwesenheit an den Übungen Voraussetzung für den Schein. Sie müssen an 7 von 10 Tagen teilnehmen.

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an welchem Tag kommen Sie?

Vorlesungsfolien

Programm

Übungen finden in den Computer-Räumen A und C des Rechenzentrums Gebäude 20.21 Raum statt. Beide Räume befinden sich im Keller des Gebäudes.
(Für Lageplan hier klicken).
Ort der Vorlesung: Mo: Grosser Hörsaal Geb. 10.50, Mi: Gaede Hörsaal Geb. 30.22

Datum UhrzeitThema
Montag, 27. Juni 2011 9:45 bis 11:15 Uhr Einführung in den Bioinformatik Kurs (Vorlesung)
  Montag, 27. Juni 2011 13:00 bis 17:30 Uhr Übungen Sequenzanalysen 1 (Raum A; Raum C bis 14 Uhr)
Betreuung bis 13 - 16 Uhr (auch an anderen Tagen)
Dienstag, 28. Juni 2011 13:00 bis 17:30 Uhr Übungen Sequenzanalysen 1 (Raum A und C)
Mittwoch, 29. Juni 2011 9:45 bis 11:15 Uhr Bioinformatik II (Vorlesung)
  Mittwoch, 29. Juni 2011 13:00 bis 17:30 Uhr Übungen Klonierung (Raum A; Raum C bis 14 Uhr)
Donnerstag, 30. Juni 2011 13:00 bis 17:30 Uhr Übungen Klonierung (Raum A und C)
Freitag, 1. Juli 2011 13:00 bis 17:30 Uhr Übungen Sequenzanalysen 2 (Raum A; Raum C bis 14 Uhr)
Montag, 4. Juli 2011 9:45 bis 11:15 Uhr Bioinformatik III (Vorlesung)
  Montag, 4. Juli 2011 13:00 bis 17:30 Uhr Betreute Übungen Sequenzanalysen 2 (Raum A; Raum C bis 14 Uhr)
Dienstag, 5. Juli 2011 13:00 bis 17:30 Uhr Übungen Phylogenie (Raum A und C)
Mittwoch, 6. Juli 2011 9:45 bis 11:15 Uhr Bioinformatik IV (Vorlesung)
   Mittwoch, 6. Juli 2011 13:00 bis 17:30 Uhr Betreute Übungen Phylogenie (Raum A; Raum C bis 14 Uhr)
Donnerstag, 7. Juli 2011 13:00 bis 17:30 Uhr Übungen Tertiärstruktur (Raum A und C)
Freitag, 8. Juli 2011 13:00 bis 17:00 Uhr Übungen Tertiärstruktur (Raum A; Raum C bis 14 Uhr)

Übungen

Bitte legen Sie die Ergebnisse auf Ihrer Internet Seite ab.

Wie lege ich meine eigene Internet Seite an
Übungen Sequenzanalysen 1
 Excel Blatt Needleman Wunsch
Übungen Klonierung
Übungen Sequenzanalysen 2, multiple alignments
Übungen Phylogenie
Übungen Tertiästruktur

Listen

Proteinliste
Liste der Organismen

Programme etc.

Clustalx2 http://www.clustal.org
Phylip Version 3.6 http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
Pymol http://www.pymol.org/
Coot www.biop.ox.ac.uk/coot (wincoot-0.6.1.exe)
PhyML http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/
GENtle http://gentle.magnusmanske.de/
Protein Data Bank
Swissprot
BLAST auf Expasy
NCBI
LALIGN
EMBOSS at Pasteur
Webprimer PCR
Invitrogen
Codon check
Codon usage tables
Codon Usage on Wikipedia
ITOL tree
"Bioinformatik Interaktiv" (Lehrbuch) Übungen http://www.wiley-vch.de/HOME/bioinformatik/

Interne links

pET21b Karte etc.
pET21b Sequenz
pQE30 Info (Expressionsvektor)
pUC18 Sequenz
Homologie Modellierung mit Phyre, Artikel Nature Methods
Pymol Reference Manual
Pymol User Manual
Pymol Tutorial
PhyML manual
Stratagene Quikchange
Bootstrap Artikel Felsenstein 1985
Artikel Waterman Smith Bayer
Artikel Needleman Wunsch

Weitere links

Phylogenie Mega 5: http://www.megasoftware.net/
MrBayes: http://mrbayes.csit.fsu.edu/
3D viewer Chimera: http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/

Vorschläge

Haben Sie einen Vorschlag, welches Protein in die Liste aufgenommen werden soll? Bitte hier eintragen:

zur Liste der Vorschlaege (nicht freigeschaltet)

Tilman Lamparter
Last modified: Thu Jun 16 07:36:18 CEST 2011